QUYẾT ĐỊNH

Về việc ban hành quy trình miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế,

hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu áp dụng tại Chi cục Hải quan,

Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

______________________

TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC HẢI QUAN

Căn cứ Luật Hải quan và Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan;

Căn cứ Luật Quản lý thuế;

Căn cứ các Nghị định, Thông tư hướng dẫn Luật Hải quan và Luật Quản lý thuế;

Căn cứ Nghị định số 96/2002/NĐ-CP ngày 19/11/2002 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của Tổng cục Hải quan;

Theo đề nghị của Vụ trưởng Vụ Kiểm tra thu thuế xuất nhập khẩu,

QUYẾT ĐỊNH:

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này Quy trình miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu áp dụng tại Chi cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh và thành phố trực thuộc Trung ương.

Điều 2. Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 801/QĐ-TCHQ ngày 03/5/2006 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành Quy trình miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu áp dụng tại Cục Hải quan các tỉnh; thành phố; các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Hải quan trái với quy định tại Quyết định này.

Điều 3. Vụ trưởng Vụ Kiểm tra thu thuế xuất nhập khẩu, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và thủ trưởng các đơn vị liên quan thuộc Tổng cục Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện Quyết định này.

QUY TRÌNH

Miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế,

không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu áp dụng tại Chi cục Hải quan,

Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

(Ban hành kèm theo Quyết định số 2424/QĐ-TCHQ

ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan)

________________________

 I. QUY ĐỊNH CHUNG:

1. Quy trình này quy định về trình tự các bước công việc cần phải làm của Chi cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khi giải quyết miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (sau đây gọi tắt là quy trình miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế) nhưng không bao gồm trình tự giải quyết miễn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng gia công, xét miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để bán hàng tại các cửa hàng bán hàng miễn thuế (trình tự giải quyết miễn thuế, xét miễn thuế đối với các hàng hóa này thực hiện theo văn bản hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính).

2. Khi thực hiện miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, công chức hải quan phải căn cứ quy định của các Luật Thuế; Luật Quản lý thuế; Nghị định và Thông tư hướng dẫn các văn bản này kết hợp với các quy định của Quy trình này để thực hiện miễn, xét miễn, xét giảm, hoàn, không thu thuế và phải bảo đảm công khai minh bạch.

3. Hồ sơ xử lý miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế được nộp tại cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền giải quyết.

4. Đối với trường hợp không thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế, cơ quan hải quan phải có văn bản chính thức thông báo cho người nộp thuế biết để nộp thuế theo quy định.

5. Thời hạn xử lý hồ sơ miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thực hiện Luật này.

6. Căn cứ quy định của Luật thuế, Luật Quản lý thuế, Nghị định, Thông tư hướng dẫn các Luật này và hướng dẫn tại Quy trình này, Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có thể quy định cụ thể chi tiết công tác miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, xét hoàn thuế, không thu thuế và thời gian cụ thể tối đa phải hoàn thành công việc của từng bước trong quy trình này phù hợp với đặc điểm của đơn vị mình.

7. Trong quá trình tiếp nhận, luân chuyển, nghiên cứu hồ sơ đề nghị xét miễn thuế, xét giảm thuế, các đơn vị, cá nhân phải thực hiện tốt việc giữ gìn, bảo quản hồ sơ, kê khai danh mục tài liệu có trong hồ sơ, khi có vấn đề phát sinh thì liên hệ với những cá nhân có trách nhiệm trong việc giải quyết hồ sơ; thực hiện chế độ bảo mật theo quy định (nếu có).

8. Chế độ kiểm tra, cập nhật, thống kê tổng hợp báo cáo:

Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm tổ chức kiểm tra việc thực hiện miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; kiểm tra việc sử dụng đúng mục đích đối với số hàng hóa đã xử lý miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế tại các đơn vị đã được miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế theo quy định hiện hành; cập nhật, thống kê đầy đủ số liệu về tình hình miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế phát sinh tại đơn vị mình (số lượng, trị giá, số tiền thuế đã miễn thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế) và báo cáo về Tổng cục Hải quan theo quy định hiện hành.

II. QUY TRÌNH MIỄN THUẾ

Quy trình miễn thuế gồm 2 loại công việc cần phải làm của cơ quan hải quan:

(i) Thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với các trường hợp phải đăng ký Danh mục miễn thuế;

(ii) Làm thủ tục miễn thuế đối với các trường hợp miễn thuế.

A. ĐĂNG KÝ DANH MỤC HÀNG HÓA MIỄN THUẾ XUẤT KHẨU, THUẾ NHẬP KHẨU

Bước 1: Tiếp nhận hồ sơ và phân công xử lý hồ sơ

- Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm ghi nhận số lượng tài liệu có trong hồ sơ vào bảng kê danh mục tài liệu của hồ sơ đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (sau đây gọi tắt là Danh mục miễn thuế) do người khai hải quan nộp, đóng dấu công văn đến, ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ, đăng ký vào sổ và chuyển cho bộ phận có chức năng để xử lý theo quy định.

- Lãnh đạo bộ phận chức năng có trách nhiệm phân công công chức hải quan kiểm tra và xử lý hồ sơ.

Bước 2: Kiểm tra và xử lý hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế

a. Công chức hải quan được giao giải quyết hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ, Danh mục miễn thuế do người khai hải quan nộp, đối chiếu với các văn bản quy định, hướng dẫn hiện hành và xử lý như sau:

a1. Trường hợp hồ sơ không đầy đủ theo quy định thì lập Phiếu đề xuất bằng văn bản theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này và dự thảo văn bản yêu cầu bổ sung hồ sơ thông báo cho người khai hải quan (nêu rõ các giấy tờ, tài liệu phải bổ sung) trình Lãnh đạo ký.

a2. Trường hợp hồ sơ đầy đủ theo quy định thì thực hiện:

- Kiểm tra đối chiếu các tài liệu, chứng từ trong hồ sơ để xác định trường hợp đề nghị có thuộc hay không thuộc đối tượng được miễn thuế theo quy định tại điều 16, Nghị định 149/2005/NĐ-CP, tính thống nhất và chính xác của hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế.

- Kiểm tra, xem xét Danh mục miễn thuế có phù hợp với ngành nghề, lĩnh vực sản xuất, kinh doanh của dự án hay không, nếu nghi ngờ, chưa rõ thì yêu cầu doanh nghiệp giải trình.

Ví dụ 1: ngành nghề sản xuất hóa chất nhưng trong Danh mục miễn thuế đăng ký với cơ quan hải quan có mặt hàng máy may là không phù hợp.

Ví dụ 2: đối với trường hợp đề nghị miễn thuế nhập khẩu máy móc, thiết bị phương tiện vận tải để tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư nêu tại khoản 6, điều 16, Nghị định 149/2005/NĐ-CP, thì tùy theo loại hàng hóa nêu tại Danh mục miễn thuế để kiểm tra Dự án, hồ sơ do người khai hải quan xuất trình như:

- Dự án thuộc hay không thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư, địa bàn đầu tư?

- Dự án cấp trước ngày 1/1/2006 hay từ ngày 1/1/2006? Trường hợp là dự án ưu đãi đầu tư cấp trước 1/1/2006 thì kiểm tra: cơ quan có thẩm quyền đã cấp Danh mục miễn thuế cho doanh nghiệp chưa: Yêu cầu cung cấp các Danh mục miễn thuế đã được cấp và kiểm tra tình hình nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục miễn thuế đã được cấp (nếu đã được cơ quan có thẩm quyền cấp). Trường hợp người khai hải quan báo cáo chưa được cấp thì yêu cầu cung cấp văn bản xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về việc chưa cấp Danh mục miễn thuế.

- Trường hợp hàng hóa xin miễn thuế là phương tiện vận chuyển nằm trong dây chuyền công nghệ, thì phải kiểm tra thêm văn bản xác nhận của Bộ Khoa học và công nghệ về việc phương tiện vận chuyển có nằm trong dây chuyền công nghệ của doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp chưa xuất trình được khi đăng ký Danh mục miễn thuế thì ghi chú vào 02 bản Danh mục miễn thuế là hồ sơ còn thiếu xác nhận của Bộ Khoa học Công nghệ về việc ô tô nằm trong dây chuyền công nghệ của doanh nghiệp và đề nghị cơ quan hải quan nơi làm thủ tục tiếp tục kiểm tra xác định nội dung này khi làm thủ tục miễn thuế cho doanh nghiệp.

- Trường hợp hàng hóa ghi trong Danh mục miễn thuế là nguyên liệu, vật tư, thì phải kiểm tra đối chiếu với danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được do cơ quan có thẩm quyền ban hành để xác định trong nước đã hay chưa sản xuất được. Trường hợp tên hàng hóa do doanh nghiệp khai chưa cụ thể thì ghi chú vào 02 bản Danh mục miễn thuế về việc tên hàng hóa chưa rõ nên chưa kiểm tra xác định được trong nước đã sản xuất được hay chưa và đề nghị cơ quan hải quan nơi làm thủ tục tiếp tục kiểm tra xác định nội dung này khi làm thủ tục miễn thuế cho doanh nghiệp.

- Tương tự như trên, nếu hàng hóa ghi trong Danh mục miễn thuế là linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng (khoản 6c, điều 16, Nghị định 149/2005/NĐ-CP) hoặc hàng hóa là nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo thiết bị, máy móc nằm trong dây chuyền công nghệ hoặc để chế tạo linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với thiết bị, máy móc (khoản 6d, điều 16, Nghị định 149/2005/NĐ-CP), thì phải kiểm tra, xác định tính đồng bộ với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng của số hàng hóa này. Nếu doanh nghiệp chưa làm rõ khi đăng ký Danh mục miễn thuế, cơ quan hải quan có nghi ngờ thì đề nghị doanh nghiệp cung cấp bản thuyết minh hoặc sơ đồ lắp đặt, sử dụng số hàng hóa này để tiếp tục kiểm tra xác định tính đồng bộ của số hàng hóa này khi làm thủ tục miễn thuế cho doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp chưa cung cấp được tại thời điểm đăng ký Danh mục miễn thuế thì ghi chú vào 02 bản Danh mục miễn thuế về việc này và đề nghị cơ quan hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra tiếp.

a3. Xử lý kết quả kiểm tra:

- Trường hợp dự án, chương trình … không thuộc đối tượng được miễn thuế theo quy định hiện hành, thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này và dự thảo công văn trả lại hồ sơ cho doanh nghiệp (nêu rõ lý do trả lại) trình Lãnh đạo ký.

- Trường hợp dự án, chương trình … thuộc đối tượng được miễn thuế theo quy định hiện hành, nhưng một số hàng hóa ghi tại bản Danh mục miễn thuế do doanh nghiệp tự xây dựng không thuộc đối tượng miễn thuế, thì lập Phiếu đề xuất bằng văn bản theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này, dự thảo công văn thông báo cho doanh nghiệp để sửa lại Danh mục miễn thuế (nêu rõ lý do) trình Lãnh đạo ký.

- Trường hợp dự án, chương trình … thuộc đối tượng được miễn thuế, hàng hóa trong Danh mục miễn thuế phù hợp với quy định hiện hành, thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này, trình Lãnh đạo ký.

b. Lãnh đạo có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế do công chức trình và ký xác nhận trên 02 bản chính Danh mục miễn thuế, 02 bản chính Phiếu theo dõi trừ lùi, Phiếu đề xuất (nếu đồng ý), cho ý kiến vào Phiếu đề xuất (nếu không đồng ý) và chuyển cho công chức để thực hiện.

Bước 3. Đăng ký Danh mục miễn thuế

- Trên cơ sở ý kiến phê duyệt đồng ý của lãnh đạo, công chức hải quan được giao giải quyết hồ sơ thực hiện đăng ký vào sổ (lập sổ theo dõi riêng) và đóng dấu xác nhận vào 02 bản Danh mục miễn thuế, 02 bản Phiếu theo dõi trừ lùi đã có chữ ký của Lãnh đạo theo mẫu sau đây:

“Hàng hóa … đã được đăng ký Danh mục miễn thuế theo Điểm …, Mục …, Phần …, Thông tư số … ngày …/…/20 … của Bộ Tài chính”

Ngày … tháng … năm 20…
Công chức (ký, ghi rõ họ tên và đóng dấu công chức)

- Trường hợp Lãnh đạo không đồng ý, công chức dự thảo văn bản thông báo cho doanh nghiệp biết (nêu rõ lý do không đăng ký Danh mục miễn thuế) hoặc báo cáo giải trình thêm nếu có ý kiến khác.

Bước 4: Lưu hành văn bản đi

Sau khi Danh mục miễn thuế đã được đăng ký và đóng dấu, hoặc công văn thông báo đã được ký, đóng dấu, công chức được giao giải quyết hồ sơ chuyển hồ sơ đến bộ phận tiếp nhận hồ sơ để gửi văn bản và lưu hồ sơ theo quy định.

B. TRÌNH TỰ MIỄN THUẾ KHI LÀM THỦ TỤC HẢI QUAN

Bước 1: Tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra xử lý hồ sơ

Việc tiếp nhận hồ sơ miễn thuế là việc tiếp nhận hồ sơ hải quan của quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại hiện hành.

Bước 2: Kiểm tra chi tiết và xử lý hồ sơ

a. Công chức hải quan được giao nhiệm vụ giải quyết hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra, xem xét Danh mục miễn thuế, hồ sơ do người khai hải quan nộp và xử lý như sau:

a1. Trường hợp hồ sơ không đầy đủ theo quy định thì lập Phiếu đề xuất bằng văn bản theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này và dự thảo văn bản thông báo cho người khai hải quan biết (nêu rõ lý do và yêu cầu bổ sung hồ sơ, thời hạn phải bổ sung hồ sơ), trình Lãnh đạo ký.

a2. Trường hợp hồ sơ đầy đủ theo quy định hoặc người khai hải quan đã bổ sung hồ sơ theo yêu cầu, thì xử lý như sau:

- Nếu hồ sơ thuộc luồng vàng thì công chức làm thủ tục miễn thuế kiểm tra, xác định hàng hóa thuộc hay không thuộc đối tượng miễn thuế:

+ Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế thì lập Phiếu đề xuất, nêu rõ hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế quy định tại điểm …, mục …, Thông tư số …, trình Lãnh đạo Chi cục xét duyệt, ký.

+ Trường hợp hàng hóa không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo tại hồ sơ miễn thuế, công chức hải quan lập Phiếu đề xuất, dự thảo văn bản thông báo cho người khai hải quan biết để nộp thuế và xử phạt vi phạm (nếu có) theo quy định.

- Nếu hồ sơ thuộc luồng đỏ, công chức kiểm tra thực tế hàng hóa thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy trình thủ tục hải quan hiện hành. Sau khi có kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa, thì chuyển hồ sơ cho công chức làm thủ tục miễn thuế để công chức làm thủ tục miễn thuế kiểm tra, xác định hàng hóa thuộc hay không thuộc đối tượng miễn thuế và xử lý như sau:

+ Trường hợp kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa đúng khai báo trong hồ sơ miễn thuế, hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế thì lập Phiếu đề xuất, nêu rõ hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế quy định tại điểm …, mục …, Thông tư số …, trình Lãnh đạo Chi cục xét duyệt, ký.

+ Trường hợp kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa xác định hàng hóa không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo tại hồ sơ miễn thuế, thì thực hiện ấn định thuế. Việc ấn định thuế thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn tại Quy trình kiểm tra và ấn định thuế.

a3. Trường hợp hồ sơ không đầy đủ theo quy định, đã yêu cầu bổ sung hồ sơ nhưng sau 10 ngày kể từ ngày yêu cầu bổ sung hồ sơ, người khai hải quan không bổ sung hồ sơ và không giải trình được theo yêu cầu của cơ quan hải quan, cơ quan hải quan cũng không có cơ sở xác định hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế thì thực hiện ấn định thuế. Việc ấn định thuế thực hiện theo quy định của Luật quản lý thuế, các văn bản quy định, hướng dẫn thực hiện Luật Quản lý thuế và hướng dẫn tại Quy trình kiểm tra và ấn định thuế hiện hành.

b. Lãnh đạo Chi cục có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ do công chức đề xuất để duyệt ký (nếu đồng ý), cho ý kiến vào Phiếu đề xuất (nếu không đồng ý) và chuyển cho công chức để thực hiện.

Trường hợp Lãnh đạo đồng ý như đề xuất thì công chức thực hiện đóng dấu hàng miễn thuế lên bản gốc tờ khai (bản người khai hải quan lưu và bản lưu tại đơn vị) theo mẫu dưới đây:

Mẫu dấu miễn thuế

“Hàng hóa được miễn thuế theo Điểm …, Mục …, Phần …, Thông tư
số …, ngày … tháng … năm … của Bộ Tài chính”

- Trường hợp Lãnh đạo không đồng ý với đề xuất, công chức dự thảo văn bản thông báo cho doanh nghiệp biết (nêu rõ lý do) hoặc báo cáo giải trình thêm nếu có ý kiến khác.

c. Riêng hàng hóa miễn thuế thuộc đối tượng phải đăng ký Danh mục miễn thuế, ngoài các công việc nêu tại bước 1, điểm a và b bước 2 mục B quy trình này, công chức được giao giải quyết hồ sơ phải kiểm tra thêm các nội dung sau:

- Kiểm tra khai báo xem hàng hóa đề nghị miễn thuế có nằm trong Danh mục miễn thuế đã đăng ký với cơ quan hải quan không (đúng tên hàng, số lượng, …)?

- Kiểm tra những loại giấy tờ mà Cục Hải quan địa phương nơi đăng ký Danh mục miễn thuế yêu cầu kiểm tra (nếu có) như: văn bản xác nhận của Bộ Khoa học và Công nghệ về việc phương tiện vận chuyển có nằm trong dây chuyền công nghệ của doanh nghiệp, kiểm tra đối chiếu với danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được do cơ quan có thẩm quyền ban hành để xác định trong nước đã hay chưa sản xuất được, kiểm tra tính đồng bộ của hàng hóa ghi trong Danh mục miễn thuế là linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng (khoản 6c, điều 16, Nghị định 149/2005/NĐ-CP) hoặc hàng hóa là nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo thiết bị, máy móc nằm trong dây chuyền công nghệ hoặc để chế tạo linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng gá lắp, khuôn mẫu, phụ kiện đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với thiết bị, máy móc (khoản 6d, điều 16, Nghị định 149/2005/NĐ-CP), …

- Kiểm tra tính thống nhất, chính xác của hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu yêu cầu miễn thuế với Danh mục miễn thuế đã đăng ký với cơ quan hải quan, đối chiếu với Phiếu theo dõi trừ lùi do doanh nghiệp xuất trình và thực hiện thêm một số việc sau:

+ Cập nhật số lượng, trị giá hàng hóa đã xuất khẩu, nhập khẩu vào Phiếu theo dõi trừ lùi và ký xác nhận theo quy định; lưu 01 bản sao Danh mục miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã ghi rõ số lượng, trị giá hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu tại đơn vị vào bộ hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu để lưu tại đơn vị hải quan.

+ Trường hợp lượng hàng hóa ghi trên Danh mục miễn thuế đã thực xuất khẩu, nhập khẩu hết thì Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục cuối cùng xác nhận “đã nhập khẩu/xuất khẩu hết hàng hóa” lên Phiếu theo dõi trừ lùi (bản chính do doanh nghiệp xuất trình), photocopy 02 bản, 01 bản gửi Cục Hải quan nơi đăng ký Danh mục miễn thuế, 01 bản lưu hồ sơ hải quan của lô hàng cuối cùng theo quy định.

Bước 3:

Sau khi đã đóng dấu miễn thuế lên tờ khai, công chức được phân công có trách nhiệm kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ và chuyển sang thực hiện các công việc tiếp theo của quy trình thủ tục hải quan hiện hành.

III. QUY TRÌNH XÉT MIỄN THUẾ, XÉT GIẢM THUẾ.

Bước 1: Tiếp nhận hồ sơ và phân công công chức hải quan xử lý hồ sơ

a. Trường hợp Cục Hải quan giải quyết hồ sơ:

- Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm ghi nhận số lượng tài liệu có trong hồ sơ, đóng dấu công văn đến, ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ, vào sổ công văn đến và chuyển cho bộ phận có chức năng để phân công công chức hải quan xử lý hồ sơ theo quy định.

- Lãnh đạo bộ phận chức năng có trách nhiệm phân công công chức hải quan xử lý hồ sơ theo quy định.

b. Trường hợp Chi cục Hải quan giải quyết hồ sơ:

- Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm ghi nhận số lượng tài liệu có trong hồ sơ, đóng dấu công văn đến, ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ, vào sổ công văn đến, kiểm tra các chứng từ nộp kèm theo hồ sơ theo quy định.

+ Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, công chức hải quan tiếp nhận có Phiếu đề xuất, ghi rõ những chứng từ còn thiếu và yêu cầu người khai hải quan bổ sung, trình Lãnh đạo duyệt.

+ Trường hợp hồ sơ gửi không đúng thẩm quyền giải quyết thì dự thảo văn bản chuyển hồ sơ cho nơi có thẩm quyền giải quyết và người khai hải quan biết, trình Lãnh đạo ký.

+ Trường hợp hồ sơ đầy đủ thì trình Lãnh đạo để phân công công chức giải quyết hồ sơ.

- Lãnh đạo có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ do công chức tiếp nhận trình để duyệt, ký Phiếu đề xuất và văn bản dự thảo (đối với trường hợp hồ sơ không đầy đủ, không đúng thẩm quyền giải quyết) và phân công công chức giải quyết hồ sơ (đối với trường hợp hồ sơ không đầy đủ).

Bước 2. Kiểm tra và xét duyệt hồ sơ

a. Công chức hải quan được phân công xử lý hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ:

- Trường hợp hồ sơ không đầy đủ theo quy định thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này và dự thảo văn bản yêu cầu bổ sung hồ sơ (nêu rõ lý do) thông báo cho người khai hải quan biết, trình Lãnh đạo ký (nếu Chi cục Hải quan giải quyết hồ sơ thì việc này do công chức tiếp nhận hồ sơ thực hiện, đã nêu tại bước 1).

- Trường hợp hồ sơ gửi không đúng thẩm quyền giải quyết thì dự thảo văn bản chuyển hồ sơ cho nơi có thẩm quyền giải quyết và người khai hải quan biết, trình Lãnh đạo ký (nếu Chi cục Hải quan giải quyết hồ sơ thì việc này do công chức tiếp nhận hồ sơ thực hiện, đã nêu tại bước 1).

- Trường hợp hồ sơ đầy đủ theo quy định, đúng thẩm quyền giải quyết thì kiểm tra đối chiếu các tài liệu, chứng từ xác định tính đúng đắn, tính hợp pháp trong hồ sơ để xác định trường hợp đề nghị có thuộc đối tượng được xét miễn, xét giảm thuế theo quy định hiện hành hay không, căn cứ tính và việc tính số tiền thuế yêu cầu xét miễn, xét giảm thuế và xử lý như sau:

+ Trường hợp không thuộc đối tượng được xét miễn, xét giảm thuế theo quy định hiện hành thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này, dự thảo công văn thông báo yêu cầu người khai hải quan nộp thuế theo đúng quy định, trình Lãnh đạo xét ký.

+ Trường hợp thuộc đối tượng được xét miễn, xét giảm thuế theo quy định hiện hành thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này ghi rõ về số lượng, trị giá, số tiền thuế được xét miễn, xét giảm, dự thảo Quyết định xét miễn, xét giảm thuế trình Lãnh đạo ký trong đó nêu rõ số tờ khai hải quan, số lượng, trị giá, số tiền thuế được xét miễn, xét giảm, lý do xét miễn thuế, xét giảm thuế.

b. Lãnh đạo có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ do công chức đề xuất, để duyệt ký (nếu đồng ý), cho ý kiến vào hồ sơ (nếu không đồng ý) và chuyển cho công chức để thực hiện.

- Trường hợp Lãnh đạo đồng ý như đề xuất thì công chức thực hiện tiếp bước 3 dưới đây.

- Trường hợp Lãnh đạo không đồng ý, công chức dự thảo văn bản thông báo cho người khai hải quan biết, nêu rõ lý do không xét miễn thuế, xét giảm thuế hoặc báo cáo giải trình thêm nếu có ý kiến khác.

Bước 3. Triển khai thực hiện Quyết định, lưu hành văn bản

Sau khi Quyết định xét miễn thuế, xét giảm thuế; công văn thông báo bổ sung hồ sơ hoặc thông báo không thuộc đối tượng xét miễn thuế, xét giảm thuế đã được ký, thì xử lý như sau:

a. Trường hợp thuộc đối tượng xét miễn thuế và đã có Quyết định xét miễn thuế, xét giảm thuế, hồ sơ gốc lưu tại đơn vị (nếu thẩm quyền thuộc Chi cục Hải quan địa phương thực hiện xét miễn thuế, xét giảm thuế), công chức được phân công xử lý thực hiện thanh khoản số tiền thuế đã được xét miễn thuế, xét giảm thuế và đóng dấu hàng hóa đã được xét miễn thuế hoặc xét giảm thuế lên bản gốc tờ khai hải quan (bản gốc lưu tại đơn vị và bản gốc do người khai hải quan lưu) theo mẫu dưới đây:

Mẫu dấu xét miễn thuế

“Hàng hóa được xét miễn thuế … đồng theo Quyết định số ………… ngày … tháng … năm … của Chi cục …/Cục …”

Mẫu dấu xét giảm thuế

“Hàng hóa được xét giảm thuế … đồng theo Quyết định ………… ngày … tháng … năm … của Chi cục …/Cục …”

Chuyển văn bản đến bộ phận văn thư để ban hành văn bản đi theo quy định hiện hành về ban hành văn bản đi.

b. Trường hợp thuộc đối tượng xét miễn thuế, xét giảm thuế và đã có Quyết định xét miễn thuế, xét giảm thuế, hồ sơ gốc không lưu tại đơn vị (nếu thẩm quyền thuộc Cục Hải quan địa phương), thì Cục Hải quan địa phương có trách nhiệm gửi 01 bản chính Quyết định xét miễn thuế, xét giảm thuế cho Chi cục nơi làm thủ tục hải quan để Chi cục đối chiếu thanh khoản và lưu vào hồ sơ gốc của lô hàng theo quy định như tại điểm a bước này.

c. Trường hợp có công văn thông báo bổ sung hồ sơ hoặc công văn không được xét miễn thuế, xét giảm thuế thì chuyển văn bản đến bộ phận văn thư để lấy số, đóng dấu, ban hành văn bản theo quy định.

IV. QUY TRÌNH XÉT HOÀN THUẾ, KHÔNG THU THUẾ XUẤT KHẨU, THUẾ NHẬP KHẨU

Bước 1: Tiếp nhận và phân công giải quyết hồ sơ

a. Trường hợp Cục Hải quan giải quyết hồ sơ:

- Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm ghi nhận số lượng tài liệu có trong hồ sơ, đóng dấu công văn đến, ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ, vào sổ công văn đến và chuyển cho bộ phận có chức năng để phân công công chức hải quan xử lý hồ sơ theo quy định.

- Lãnh đạo bộ phận chức năng có trách nhiệm phân công công chức hải quan xử lý hồ sơ theo quy định.

b. Trường hợp Chi cục Hải quan giải quyết hồ sơ:

- Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm ghi nhận số lượng tài liệu có trong hồ sơ, đóng dấu công văn đến, ghi rõ ngày tiếp nhận hồ sơ vào sổ công văn đến, kiểm tra các chứng từ nộp kèm theo hồ sơ theo quy định.

+ Trường hợp hồ sơ không đầy đủ, cán bộ tiếp nhận có Phiếu đề xuất ghi rõ những chứng từ còn thiếu và yêu cầu người nộp thuế bổ sung, trình Lãnh đạo ký.

+ Trường hợp hồ sơ gửi không đúng thẩm quyền giải quyết thì có văn bản chuyển hồ sơ cho nơi có thẩm quyền giải quyết và người nộp thuế biết, trình Lãnh đạo ký.

+ Trường hợp hồ sơ đầy đủ thì trình Lãnh đạo để phân công công chức giải quyết hồ sơ.

- Lãnh đạo có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ do công chức tiếp nhận trình để duyệt ký Phiếu đề xuất (đối với trường hợp hồ sơ không đầy đủ, không đúng thẩm quyền giải quyết) và phân công công chức giải quyết hồ sơ (đối với trường hợp hồ sơ không đầy đủ).

Bước 2: Kiểm tra hồ sơ

a. Công chức được giao giải quyết hồ sơ phải kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ và xử lý như sau:

a1. Trường hợp hồ sơ không đầy đủ theo quy định thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này và dự thảo văn bản yêu cầu bổ sung hồ sơ thông báo cho người nộp thuế biết, trình Lãnh đạo ký (nếu Chi cục Hải quan giải quyết hồ sơ thì việc này do công chức tiếp nhận hồ sơ thực hiện, đã nêu tại bước 1).

a2. Trường hợp hồ sơ gửi không đúng thẩm quyền giải quyết thì dự thảo văn bản chuyển hồ sơ cho nơi có thẩm quyền giải quyết và người nộp thuế biết, trình Lãnh đạo ký (nếu Chi cục Hải quan giải quyết hồ sơ thì việc này do công chức tiếp nhận hồ sơ thực hiện, đã nêu tại bước 1).

a3. Trường hợp hồ sơ đầy đủ theo quy định thì chuyển sang bước 3 dưới đây.

b. Lãnh đạo có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ do công chức đề xuất, để duyệt ký (nếu đồng ý), cho ý kiến vào hồ sơ (nếu không đồng ý) và chuyển cho công chức để thực hiện.

- Trường hợp Lãnh đạo đồng ý như đề xuất thì công chức chuyển văn thư để lấy số, đóng dấu, ban hành văn bản đi theo quy định.

- Trường hợp Lãnh đạo không đồng ý, công chức dự thảo văn bản thông báo cho người nộp thuế biết, nêu rõ lý do hoặc báo cáo giải trình thêm nếu có ý kiến khác.

Bước 3: Phân loại hồ sơ

Đối với hồ sơ đầy đủ theo quy định, công chức kiểm tra hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, tính hợp pháp của hồ sơ, đối chiếu với quy định của Điều 60 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11, Điều 30 Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Thông tư hướng dẫn Nghị định này để xác định hồ sơ có thuộc hay không thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế và phân loại hồ sơ thành hai loại: Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

- Nếu hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì chuyển sang thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a, bước 4 quy trình này.

- Nếu hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thì chuyển sang thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b, bước 4 quy trình này.

Bước 4: Xử lý hồ sơ

a. Đối với hồ sơ phân loại vào diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:

- Công chức hải quan kiểm tra tính chính xác của số tiền thuế đề nghị hoàn, số tiền thuế đề nghị không thu theo quy định hiện hành, và xử lý như sau:

+ Nếu hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế theo quy định của pháp luật thuế, thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này, dự thảo quyết định hoàn thuế trình Lãnh đạo ký.

+ Nếu hàng hóa không thuộc đối tượng hoàn thuế theo quy định của pháp luật thuế, thì lập Phiếu đề xuất theo mẫu ban hành kèm theo quy trình này, dự thảo công văn thông báo cho người nộp thuế biết (nêu rõ lý do), trình Lãnh đạo ký.

+ Nếu thấy có nghi ngờ thì lập Phiếu đề xuất trình Lãnh đạo duyệt chuyển sang diện kiểm tra trước hoàn thuế sau và thông báo cho người nộp thuế biết.

- Lãnh đạo có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ do công chức đề xuất, để duyệt ký (nếu đồng ý), cho ý kiến vào hồ sơ (nếu không đồng ý) và chuyển cho công chức để thực hiện.

+ Trường hợp Lãnh đạo đồng ý như đề xuất thì công chức thực hiện tiếp bước 5 dưới đây.

+ Trường hợp Lãnh đạo không đồng ý, công chức dự thảo văn bản thông báo cho người nộp thuế (nêu rõ lý do) hoặc báo cáo giải trình thêm nếu có ý kiến khác.

b. Đối với hồ sơ phân loại vào diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau:

Trước khi thực hiện việc xử lý như đối với trường hợp hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau như quy định tại điểm a bước này, cơ quan hải quan phải kiểm tra hồ sơ và/hoặc chứng từ, sổ sách kế toán .v.v. (kiểm tra hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của bộ hồ sơ, chứng từ thanh toán tiền hàng, phiếu xuất kho, nhập kho, định mức tiêu hao nguyên liệu vật tư, nếu có nghi ngờ thì thực hiện tiếp các bước như kiểm tra chứng từ sổ sách kế toán, việc hạch toán kế toán tại đơn vị, kiểm tra thực tế hoạt động sản xuất, kinh doanh của đơn vị, kiểm tra xác minh đối chiếu các giao dịch kinh doanh với các tổ chức, cá nhân liên quan để xác định số tiền thuế được hoàn), như hướng dẫn tại Thông tư hướng dẫn hiện hành về quản lý thuế của Bộ Tài chính.

Bước 5: Triển khai thực hiện Quyết định hoàn thuế, không thu thuế, lưu hành văn bản

a. Sau khi Lãnh đạo ký Quyết định xét hoàn thuế, không thu thuế hoặc công văn thông báo bổ sung hồ sơ hoặc thông báo không thuộc đối tượng xét hoàn thuế, không thu thuế, công chức được giao nhiệm vụ giải quyết hồ sơ chuyển các văn bản đã được Lãnh đạo ký đến bộ phận văn thư để lấy số, đóng dấu ban hành văn bản theo quy định.

Việc quản lý, lưu hành văn bản đi được thực hiện theo quy định hiện hành về quản lý văn bản đi.

b. Trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế và đã có Quyết định hoàn thuế, không thu thuế, hồ sơ gốc lưu tại đơn vị (thuộc thẩm quyền của Chi Cục Hải quan địa phương), công chức được giao nhiệm vụ phải kiểm tra trên mạng theo dõi nợ thuế để xác định tình trạng nợ thuế của người nộp thuế, xác định tính chính xác của số tiền thuế đề nghị hoàn, số tiền thuế đề nghị không thu và tùy từng trường hợp cụ thể để xử lý như sau:

b1. Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt quá hạn, cưỡng chế trên toàn quốc, thì thanh khoản số tiền thuế đã được hoàn thuế, không thu thuế và đóng dấu hàng hóa được xét hoàn thuế, không thu thuế lên bản gốc tờ khai hải quan do người nộp thuế lưu theo mẫu dưới đây:

Mẫu dấu xét hoàn thuế, không thu thuế

“Hàng hóa được xét hoàn thuế … đồng, (không thu thuế … đồng) theo Quyết định số … ngày … tháng … năm … của Chi cục/Cục Hải quan …”.

Sau khi đã thanh khoản, công chức hải quan được giao nhiệm vụ sao lại tờ khai hải quan gốc đã thanh khoản để lưu vào hồ sơ hoàn thuế và trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế.

Trường hợp tờ khai phải thanh khoản nhiều lần thì lập bảng kê theo dõi mỗi lần hoàn thuế (không thu thuế) và ghi rõ trên bảng kê số tiền hoàn thuế (không thu thuế) của từng lần đã hoàn thuế hoặc không thu thuế; Lần làm thủ tục hoàn thuế (không thu thuế) cuối cùng sẽ đóng dấu hoàn thuế (không thu thuế) trên tờ khai gốc, sao lại tờ khai hải quan gốc đã thanh khoản để lưu vào hồ sơ hoàn thuế và trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế như trường hợp thanh khoản 1 lần nêu trên.

b2. Nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền phạt tại đơn vị hoặc người nộp thuế có văn bản yêu cầu đề nghị bù trừ số tiền thuế được hoàn vào số tiền thuế, tiền phạt phải nộp mới phát sinh, thì thực hiện thanh khoản số tiền thuế đã được hoàn thuế, không thu thuế và đóng dấu hàng hóa được xét hoàn thuế, không thu thuế lên bản gốc tờ khai hải quan hoặc lập bảng kê theo dõi (nếu tờ khai phải thanh khoản nhiều lần) như nêu trên và bù trừ thuế theo quy định.

b3. Nếu người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền phạt ở những đơn vị hải quan khác thì có văn bản thông báo cho đơn vị hải quan nơi người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền phạt để đơn vị hải quan đó có văn bản nhờ thu hộ và Lệnh thu ngân sách hoặc người nộp thuế có văn bản đề nghị bù trừ số tiền thuế được hoàn vào số tiền thuế, tiền phạt phải nộp ở những đơn vị hải quan đó. Trên cơ sở văn bản nhờ thu hộ và Lệnh thu ngân sách của đơn vị hải quan nơi người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền phạt hoặc văn bản đề nghị bù trừ số tiền thuế được hoàn vào số tiền thuế, tiền phạt phải nộp của doanh nghiệp đó, công chức hải quan được phân công xử lý làm thủ tục bù trừ thuế, thu hộ thuế theo quy định và thực hiện thanh khoản số tiền thuế đã được hoàn thuế, không thu thuế, đóng dấu hàng hóa được xét hoàn thuế, không thu thuế lên bản gốc tờ khai hải quan, lập bảng kê theo dõi (nếu tờ khai phải thanh khoản nhiều lần) như điểm b1 nêu trên.

c. Trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế và đã có Quyết định hoàn thuế, giấy đề nghị hoàn thuế, không thu thuế, hồ sơ gốc không lưu tại đơn vị (nếu thuộc thẩm quyền của Cục Hải quan địa phương), thì Cục Hải quan địa phương có trách nhiệm gửi 01 bản chính Quyết định xét hoàn thuế, giấy đề nghị hoàn thuế, không thu thuế cho Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục hải quan để Chi cục đối chiếu, thanh khoản tương tự như trường hợp Chi cục Hải quan địa phương thực hiện xét hoàn thuế, không thu thuế theo quy định tại điểm b bước này và lưu vào hồ sơ gốc của lô hàng theo quy định.